В основе научных исследований лежит плодотворное сотрудничество научного отдела национального парка с ведущими научными организациями Республики Беларусь:

• Национальной академии наук Беларуси: ГНПО «НПЦ по биоресурсам», Институтом экспериментальной ботаники им. В.Ф. Купревича, Центральным ботаническим садом, Институтом рыбного хозяйства;
•  Белорусским государственным университетом: научно-исследовательскими лабораториями экологии ландшафтов, озероведения, гидроэкологии, кафедрой почвоведения и земельных информационных систем, Учебно-научного центра “Нарочанская биологическая станция им Г.Г. Винберга”;
• Белорусским государственным технологическим университетом;
• УП “Геоинформационные системы”, РУП “ГеоСистемсПро”, ГУ”Беллесозащита” и других научных учреждений республики в виде выполнения НИР (с участием сотрудников научного отдела) по актуальным направлениям научной и научно-практической тематики деятельности Национального парка.

Научно-исследовательская деятельность на территории национального парка координируется научно-техническим советом и ведется по различным направлениям:

• изучение биоразнообразия, выявление популяций редких и охраняемых видов, разработка и реализация мер по их сохранности;
• геоботанические исследования;
• комплексный мониторинг экосистем;
• гидроэкология;
• разработка и актуализация геоинформационной системы;
• формирование базы данных “Летопись природы”;
• научное сопровождение туристско-экскурсионной деятельности;
• нормирование рекреационных нагрузок;
• разработка и реализация плана управления особо охраняемой природной территории.

В составе научно-технического совета Национального парка “Нарочанский” представлены ученые и специалисты НАН Беларуси, БГУ, Управления делами Президента Республики Беларусь, Минприроды, компетентных ведомств и организаций. По результатам научно-исследовательских работ разрабатываются и внедряются практические рекомендации, публикуются научные статьи, принимаются управленческие решения.

В последнее время деятельность научного отдела акцентирована на ГИС-тематике.